三代测序知识学习----Sequel

(2017-03-26 22:38:34)

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分类：三代

知识链接：http://www.pacb.com/blog/new-chemistry-software-sequel-system-improve-read-length-lower-project-costs/

1：2017年1月23号，发布了新的测序试剂V2 chemistry,和分析软件 V4 software，平均读长为10-18 kb，有一半的测序读长大于20k，测序有效数据量范围在 5-8 Gb

2： Sequel System系统现在可以建到80 kb的文库

3：SMRTanalysis分析从3.0版本以后，数据产生的格式由bax.h5变为BAM格式。其索引文件也由原来的 cmp.h5变为 pbi一开始的时候PacBio RS只产生一个bas.h5文件，包含了所有的信息。后来伴随着测序深度和读长的增加，目前会产生1个bas.h5文件和三个bax.h5文件，可以使用bax2bam转化为bam:

bax2bam m.1.bax.h5 m.2.bax.h5 m.3.bax.h5

输出为：m.subreads.bam

4：目前三代可以用做测试数据集合的网页链接：

https://github.com/PacificBiosciences/DevNet/wiki/Datasets

5：对bam文件建立索引

pbindex m.subreads.bam 生成文件：m.subreads.bam.pbi

pbindex m.aligned_subreads.bam 生成文件：m.aligned_subreads.bam.pbi

6：Quality Value (QV): The total probability that the basecall is an insertion or substitution or is preceded by a deletion.  QV = -10 * log10(p). For example, QV 20 is 99% accurate, QV 30 is 99.9% accurate, and QV 50 is 99.999% accurate.

7:三代错误组成：

Those 15% of errors constitute of 11% insertions, 4% deletions and 1% mismatches.

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