Annovar注释的突变文件转MAF对象

maftools可以读入Annovar注释的突变文件，生成成MAF对象，方便下游的突变分析。

1. 合并不同样本的突变文件，加上样本编号

原始的vcf文件经过Annovar软件注释后会生成注释好的.vcf以及.txt文件。

#每个样品一个文件夹，下面有annovar注释的文件for id in `find ./ -name *hg38_multianno.txt`;do add=${id##*/};add=${add%%.*};awk '{if (NR==1) {print $0, "Tumor_Sample_Barcode"}; if (NR>1) {print $0,"'"$add"'"}}'  $id >> merged.hg38_multianno.txt;done# 根据文件名解析出样本编号，较为复杂。## 去掉多余的行和列
cat merged.hg38_multianno.txt |head -1 > merg.head.txtcat merged.hg38_multianno.txt |grep -v "Tumor_Sample_Barcode" > merged.hg38_multianno.txt2cat merg.head.txt merged.hg38_multianno.txt2 >merged.hg38_multianno.txt3awk '{print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9,$10,$NF}' merged.hg38_multianno.txt3 > merged.hg38_multianno.txt.final

2. 读入合并后的数据，生成MAF对象

# if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
#   install.packages("BiocManager")
#
# BiocManager::install("maftools")library(maftools)
# ls("package:maftools")var.annovar <-"path/to/your/file"# 生成MAF对象。注意分隔类型
var.annovar.maf = annovarToMaf(annovar = var.annovar, refBuild = 'hg38',sep = " ",tsbCol = 'Tumor_Sample_Barcode',MAFobj = TRUE)oncoplot(maf = var.annovar.maf, draw_titv = TRUE)

Annovar注释的突变文件转MAF对象相关推荐

PowerShell~文件操作和对象遍历
ps提供了丰富的文件操作,如建立,删除,改名,移动,复制,文件夹建立,显示文件列表,同时对数组对象的遍历也很方便,如果在使用PS脚本时,希望现时传入参数,可以把参数声明为param,当然需要把它写在文 ...
python解析json文件案例_Python加载带有注释的Json文件实例
由于json文件不支持注释,所以如果在json文件中标记了注释,则使用python中的json.dump()无法加载该json文件. 本文旨在解决当定义"//"为json注释时,如 ...
块存储、文件存储、对象存储这三者和分布式文件存储系统的本质区别
块存储和文件存储是我们比较熟悉的两种主流的存储类型,而对象存储(Object-based Storage)是一种新的网络存储架构,基于对象存储技术的设备就是对象存储设备(Object-based St ...
如何修改xd.properties文件中对象存储文件信息_对块存储、文件存储、对象存储的认识总结...
因工作原因接触了对象存储,从而了解到相关的块存储和文件存储.搜罗了网上各种信息,结合自己的理解,整理如下.欢迎阅读,批评指正. 开头引用下几篇关于"块存储.文件存储.对象存储"的文 ...
python写文件读文件-Python 读写文件和file对象的方法(推荐)
1.open 使用open打开文件后一定要记得调用文件对象的close()方法.比如可以用try/finally语句来确保最后能关闭文件. file_object = open('thefile.tx ...
块存储，文件存储和对象存储
首先,我们介绍这两种传统的存储类型.通常来讲,所有磁盘阵列都是基于Block块的模式(DAS),而所有的NAS产品都是文件级存储 1.块存储以下列出的两种存储方式都是块存储 ...
心得---字节流、文件操作、对象序列化
1. 抽象基类InputStream.OutputStream,不能实例化. • InputStream类是基本的输入类.它定 ...
Sandcastle是微软提供的一个根据XML注释和DLL文件生成帮助文件的工具
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> Sandcastle是微软提供的一个根据XML注释和DLL文件生成帮助文件的工具,目前是在CodePlex上的一个开源项目,可 ...
mysql存储文件用什么类型_块存储、文件存储、对象存储的区别是什么？
块存储: 需要实现Linux的Block Device的接口或者QEMU提供的Block Driver接口.提供随机读写,可以像使用物理硬盘一样格式化并建立文件系统来使用块存储,块存储可用于绝大部分通 ...

Annovar注释的突变文件转MAF对象

1. 合并不同样本的突变文件，加上样本编号

2. 读入合并后的数据，生成MAF对象

Annovar注释的突变文件转MAF对象相关推荐

最新文章

热门文章