#调用ggplot2包
library(ggplot2)
#读取数据,数据共两列
data1<-read.table('1.txt',sep='\t',header = T)
head(data1)

#增加一组分组,将logFC>0设置为A组,小于0设置为B组,当然这里也可以直接读取一个三列的数据
data1$group<-ifelse(data1$logFC>0,'A','B')
head(data1)

#初步绘图
ggplot(data1, aes(pathway, logFC, fill = group)) + geom_bar(stat = 'identity')


#修图
ggplot(data1, aes(pathway, logFC, fill = group)) + geom_bar(stat = ‘identity’) +coord_flip()+scale_fill_manual(values = c(‘A’=‘blue’, ‘B’=‘red’), guide = FALSE)+geom_text(data = subset(data1, logFC < 0),aes(x=pathway, y= 0, label= paste0(" “, pathway), color = group),size = 3,hjust = “inward” ) + geom_text(data = subset(data1, logFC > 0),aes(x=pathway, y= -0.1, label=pathway, color = group),size = 3, hjust = “outward”) + scale_colour_manual(values = c(‘A’=‘green’, ‘B’=‘pink’), guide = FALSE) +xlab(”") +ylab(“logFC”)+theme_bw() + #去除背景色
theme(panel.grid =element_blank()) + #去除网格线
theme(panel.border = element_rect(size = 0.6)) + #边框粗细
theme(axis.line.y = element_blank(), axis.ticks.y = element_blank(), axis.text.y = element_blank()) #去除y轴

#注释
#coord_flip():旋转x轴和y轴
#scale_fill_manual(values = c(‘A’=‘blue’, ‘B’=‘red’), guide = FALSE):设置柱状填充的颜色
#geom_text(data = subset(data1, logFC < 0),aes(x=pathway, y= 0, label= paste0(" “, pathway), color = group),size = 3,hjust = “inward” ) + geom_text(data = subset(data1, logFC > 0),aes(x=pathway, y= -0.1, label=pathway, color = group),size = 3, hjust = “outward”) :文本的位置,大小的设置
scale_colour_manual(values = c(‘A’=‘green’, ‘B’=‘pink’), guide = FALSE):设置文本的颜色
xlab(”") :x轴标题去掉
+ylab(“logFC”):设置y轴标题
theme_bw() : 去除背景色
theme(panel.grid =element_blank()) : 去除网格线
theme(panel.border = element_rect(size = 0.6)) :边框粗细
theme(axis.line.y = element_blank(), axis.ticks.y = element_blank(), axis.text.y = element_blank()) #去除y轴

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